Кадзи был убит Мисато так как:
1) Именно ее он ждал в "нашем секретном месте".
2) Прямо перед сценой с убийством Кадзи Мисато отпускают и выдают оружие.
3) Прямо перед сценой с убийством Кадзи Мисато спрашивает где он находиться - следовательно идет его искать.
4) Кадзи узнал своего убийцу, назвал его на ты и сказал что долго его ждал (а встречу он назначил именно Мисато).
5) Мисато предупреждала Кадзи, что убъет его в следующий раз, если он снова полезет в тайны Нерв (надеюсь никто не сомневаеться в решительности Мисато).
6) Сразу после звука выстрела нам красноречиво показывают надпись "Мисато Кацураги".
7) Мисато приходит домой сникшей и мрачной, соответственно зная про смерть Кадзи.
8) Реакция Мисато на телефонную запись Кадзи: после фразы "когда мы встретимся я скажу тебе то что не смог сказать 15 (не помню точной цифры) лет назад" она уже плача говорит, мол "Какой же ты дурак, ты всегда был дураком", подразумевая, что он не воспринял ее предупреждения всерьез.
Я считаю, что этих причин вполне достаточно.
Вариант с Рицко маловероятен, - с чего бы это она убивала по приказу Гендо? Она ученый, а не убийца. Даже нацелив позже пистолет на Гендо, она так и не выстрелила, - она хотела совершить массовый суицид, а на простой выстрел у нее духу не хватало.
Вариант с Аской-убийцей тоже нелепый, стоит хотябы вспомнить ее удивление после слов Мисато "Этого не может быть" (момент когда Аске звонили по телефону ее приемные родители и Аска сказала Мисато, мол "Иди, это тебе твой Кадзи звонит").
Единственный момент, который может опровергнуть мою теорию - это, если Gainax официально заявил, что Мисато невиновна.
Вот собственно и все.
Прошу критиковать аргументировано.