А никто не думал, что серийные евы надо было из чего-то делать. Евангелионы - это клоны ангелов. В кратере видимо лежал "образчик донар" серийных ев. И образчик имитационной капсулы тоже рядом. Все под рукой.
А, откуда ангелы беруться...
Думаю это никому кроме Каору не известно. Подумайте, даже если они и из "рая" берутся - кто знает где этот рай находится. А может рай и на земле, просто люди этого не видят или неправильно понимают понятие "рай". Тогда выходит что варианты "из рая" и "они всегда были на земле" означают одно и тоже. И потом, даже если узнают откуда приходят ангелы, что это даст? Это один из вопросов, ответив на который, не имеет никакого значения для построения сюжета и именно поэтому, его не раскроют не во втором ребилде, не взавершающих частях.